PUBLICATIONS
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2020
Montero, P., Román-Brenes, R., Siles, F., Cascante-Vindas, J. MiSiM: Microstructured Fibers' Simulator. IEEE LAEDC 2020, Latin American Electron Devices Conference, Cinvestav, San José, Costa Rica.
Gutiérrez-Muñoz, M., González-Salazar, A. and Coto-Jiménez, M. Evaluation of Mixed Deep Neural Networks for Reverberant Speech Enhancement. Biomimetics 5.1 (2020): 1.
Rodríguez-González, J., Hernández-López, M., Siles, F. Motus: Marco de trabajo para la clasificación de Captura de Movimiento humano en ambientes no controlados. Cartago, Costa Rica: Tecnología en Marcha, Vol. 33, pg. 55-59.
Núñez-Meoño, L., Villalta, M., Siles, F. Abordaje inicial en la clasificación de escenas de partidos de fútbol a partir de la distribución espacial de los jugadores sobre la cancha. Cartago, Costa Rica: Tecnología en Marcha, Vol. 33, pg. 60-65.
Abarca-Jiménez, N., Siles, F. Serialización de un Cuerpo Humano Tridimensional basado en datos MoCap en un archivo BVH para la Comparación de Secuencias. Cartago, Costa Rica: Tecnología en Marcha, Vol. 33, pg. 85-90.
Quinde-Cobos, P., Quirós, S., Siles, F. Generación de Datos de Validación para Rastreo Celular en Microscopía de Campo Claro usando Muestras Fluorescentes. Cartago, Costa Rica: Tecnología en Marcha, Vol. 33, pg. 91-95.
Román-Brenes, R., Siles, F., Zamora-Mata, D. Plataforma computacional de acoplamiento de proteínas basado en plantillas. Cartago, Costa Rica: Tecnología en Marcha, Vol. 33, pg. 96-100.
Coto-Jiménez, M., Morales-Rodríguez, M., Vargas-Díaz, D. Un primer acercamiento a la caracterización acústica del habla de niños costarricenses. Cartago, Costa Rica: Tecnología en Marcha, Vol. 33, pg. 80-84.
2019
Siles, F., Mora-Zúñiga, A., Quirós, S. Comparison of Four Automatic Classifiers for Cancer Cell Phenotypes using M-phase Features Extracted from Brightfield Microscopy Images. Springer Latin America High Performance Computing Conference CARLA 2019, Turrialba, Costa Rica.
Coto-Jiménez, M. Measuring the Effect of Reverberation on Statistical Parametric Speech Synthesis. Springer Latin America High Performance Computing Conference CARLA 2019, Turrialba, Costa Rica.
Paniagua-Peñaranda, C., Zeledón-Córdoba, M., Coto-Jiménez, M., Assessing the Robustness of Recurrent Neural Networks to Enhance the Spectrum of Reverberated Speech. Springer Latin America High Performance Computing Conference CARLA 2019, Turrialba, Costa Rica.
Alfaro-Picado, A., Solís-Cerdas, S., Coto-Jiménez, M. An Experimental Study on Fundamental Frequency Detection in Reverberated Speech with Pre-trained Recurrent Neural Networks. Springer Latin America High Performance Computing Conference CARLA 2019, Turrialba, Costa Rica.
González-Salazar, A., Gutiérrez-Muñoz, M., Coto-Jiménez, M. Enhancing Speech Recorded from a Wearable Sensor Using a Collection of Autoencoders. Springer Latin America High Performance Computing Conference CARLA 2019, Turrialba, Costa Rica.
Yeom-Song, V., Zeledón-Córdoba, M., Coto-Jiménez, M. A Performance Evaluation of Several Artificial Neural Networks for Mapping Speech Spectrum Parameters . Springer Latin America High Performance Computing Conference CARLA 2019, Turrialba, Costa Rica.
2018
Villalta, M. , Siles, F. Parallelization of a Multipartite Graph Matching Algorithm for Tracking Multiple Football Players. 5th IEEE International Conference on Parallel, Distributed and Grid Computing PDGC 2018, H.P., India.
J. Vargas, Rodrigo Mora-Rodríguez and F. Siles, “Genome Copy Number Feature Selection Based on Chromosomal Regions Alterations and Chemosensitivity Subtypes”, IEEE IWOBI 2018
2017
Chacon R. and Siles, F., Evaluation of Different Histogram Distances for Temporal Segmentation in
Digital Videos of Football Matches from TV Broadcast, 5th IEEE International Workshop and Conference on Bioinspired Intelligence IWOBI 2015, Funchal, Portugal .
2016
Cascante-Vindas J., Siles F., Diez A. and Vicente M. Manufacturing of All-Fiber Q-Switch Lasers for Supercontinuum Generation,IEEE CONCAPAN BIP 2016, San José, Costa Rica .
Coto Ulate, J. , Siles, F. and Mora Rodríguez, R., Biocomputing Platform Module for Cancer Genomics and Chemotherapy ,IEEE CONCAPAN BIP 2016, San José, Costa Rica.
Acón, M., Siles, F., and Mora, R. , A biocomputational platform for the automated construction of large-scale mathematical models of miRNA-transcription factor networks for studies on gene dosage compensation, IEEE CONCAPAN BIP 2016, San José, Costa Rica.
Chacón Quesada, R., Calderon Ramirez, S., and Siles, F. Improving the Temporal Segmentation in Digital Videos using the Deceived Bilateral Filter, IEEE CONCAPAN BIP 2016, San José, Costa Rica.
Baez, E., Siles, F., and Mora, R., A biocomputational platform for the automated construction of large-scale metabolic models from transcriptomic data, IEEE CONCAPAN BIP 2016, San José, Costa Rica.
2015
Chaves, E., Fonseca, S., Delgado, J., Mora, L., Siles, F. Diagnóstico diferencial de la escoliosis mediante sistema de captura de movimiento óptico, IEEE CONESCAPAN 2015, San Salvador, El Salvador.
Siles, F. , Saborío, J.C. Parallel Spatial Segmentation for the Automated Analysis of Football. 5th IEEE International Workshop and Conference on Bioinspired Intelligence IWOBI 2015, San Sebastián, España.
Calderón, S., Sáenz, A., Mora, R., Siles, F., Orozco, I., Buemi, M.E. DeWAFF: A Novel Image Abstraction Approach to Improve the Performance of a Cell Tracking System. 5th IEEE International Workshop and Conference on Bioinspired Intelligence IWOBI 2015, San Sebastián, España.
Cascante-Vindas,J., Siles, F., Díez, A., Andrés, M. V. Optimization of Microstructured Fiber Optic Devices for Supercontinuum Generation. 5th IEEE International Workshop and Conference on Bioinspired Intelligence IWOBI 2015, San Sebastián, España.
2014
Calderón, S., Castro, J., Sáenz, A., Siles, F., Mora, R. Automatic cell segmentation and tracking in the NF-kB pathway using time-lapse fluorescence microscopy videos without nuclear staining. VI Latin American Conference on Biomedical Engineering CLAIB 2014, Paraná, Argentina.
Calderón, S, Siles, F., Deceived Bilateral Filter for Improving the Classification of Football Players from TV Broadcast. IWOBI 2014 — IEEE 3rd International Conference and Workshop on Bioinspired Intelligence, Liberia, Costa Rica, 2014.
Cascante, J., Siles, F., Novel Spectra in the Supercontinuum Generation with Applications in the Biodiversity Conservation, IWOBI 2014 — IEEE 3rd International Conference and Workshop on Bioinspired Intelligence, Liberia, Costa Rica, 2014.
Siles, F. Automated Semantic Annotation of Football Games from TV Broadcast, Dissertation (with honours), Department of Computer Science, Technische Universität München, Germany, 2014.
Siles, F. Shot Classification for Association Football from TV Broadcasting. SAMI 2014 — IEEE 12th International Symposium on Applied Machine Intelligence and Informatics, Herl’any, Slovakia.
2013
Siles, F. Detection of Dynamic Overlays for Association Football from TV Broadcasting. CINTI 2013 — IEEE 14th International Symposium on Computational Intelligence and Informatics, Budapest, Hungary.
Siles, F. ACE-Football — Analysing football from TV Broadcasting. 24th German Soccer Conference DVS — Fußball in Lehre und Forshung, Weiler, Simmerberg, Germany.
Siles, F., Programación para el Emprendedurismo Social, Jornadas de Docencia en Computación e Informática, JODCI, 2013, San José, Costa Rica.
Siles, F., Calderón, S., Villalta, M. 200 PB a 100 M$! Surá – Clúster para almacenamiento y procesamiento de datos científicos del PRIS-Lab. BIREDIAL 2013 — International Conference on Open Access, Digital Preservation and Scientific Data, San José, Costa Rica.
Siles, F. Temporal Segmentation of Association Football from TV Broadcasting. INES 2013 — IEEE 17th International Conference on Intelligent Engineering Systems, San José, Costa Rica.
PREVIOUS RESEARCH
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2011
Siegle, M., Siles, F., Beetz, M., and Lames, M. Spielanalyse mit Hilfe von Episoden. 8. Symposion der dvs-Sektion Sportinformatik – Sportinformatik trifft Sporttechnologie. In D. Link, and J. Wiemeyer (Hrsg.), Hamburg, Czwalina, 2011.
2010
Vargas, S., Breedy, O., Siles, F., and Guzman, H.M. How many kinds of sclerite? Towards a morphometric classification of gorgoniid microskeletal components, Micron — The International Research and Review Journal for Microscopy, 2010.
2009
Beetz, M. , von Hoyningen-Huene, N., Kirchlechner, B., Gedikli, S., Siles, F., Durus, M., and Lames, M. ASpoGAMo: Automated Sports Game Analysis Models, International Journal of Computer Science in Sport, volume 8, number 1, 2009.
2008
Siles, F., Beetz, M. Localization of soccer players in television broadcasts, 7. Symposion der dvs-Sektion Sportinformatik – Gegenstand und Anwendungsfelder der Sportinformatik, Universität Augsburg – Institut für Sportwissenschaft, Augsburg, May 22-24, 2008.
2007
Siles, F., Dos nuevos métodos para la detección de caras utilizando «wavelets» y comparación con análisis por componentes principales, Master Thesis (with honours), Department of Electrical Engineering, Universidad de Costa Rica, 2007.
2004
Siles, F., Estimación de la forma y textura celular para microscopía in-situ, Licenciate Thesis (with honours), Department of Electrical Engineering, Universidad de Costa Rica, 2004.
GRADUATE FINAL PROJECTS
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2019
El aporte del diseño gráfico en los aportes de preproducción de animación tridimensional en el PRIS-Lab de la UCR. Jose Miguel Chacón Oconitrillo, María Reina Chaves Solís, Daniel Jiménez Esquivel, Adriana Sánchez Madrigal, Rosslyn Sánchez Mora. Reviewer: F. Siles (Licentiate Graphical Design)
Desarrollo de una plataforma de software para el rastreo, segmentación y caracterización de las partículas dentro de un emulador impulsor de sangre VAD. Alejandro Araya Hernández
Desarrollo de una biblioteca de expresiones corporales para Choregraphe utilizando datos de MoCap. Alonso de los Ángeles Cordero Vega, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Desarrollo de una plataforma de hardware para el rastreo visual de partículas en un emulador de impulsor de sangre. Mario Zamora Rivera, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Adaptación del simulador Simple Soccer usando el motor gráfico Unity. Reinier Gabriel Camacho Quirós, tutor: M. Villalta (B.Sc. Electrical Engineering)
2018
Reconocimiento de patrones de activación de la corteza prefrontal durante la aritmética mental utilizando NIRS en conjunto con EEG. Andrea Salazar Espinoza, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Desarollo de una extensión funcional de la plataforma ViPR de HPC híbrido CPU/GPU para reconocimiento de patrones en video de alta resolución. Daniel Piedra Pérez, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Desarrollo de un pipeline de HPC híbrido CPU/GPU para reconocimiento de patrones en video de alta resolución. Esteban Zamora Alvarado, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Diseño, implementación y validación de un algoritmo para la segmentación de células cancerígenas a partir de imágenes de microscopía fluorescente. Javier Ignacio Peralta Sáenz, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Desarrollo de un sistema de vocalización de palabras seleccionadas en un robot humanoide NAO por medio de una BCI utilizando imaginería motora. Juan José Delgado Quesada, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Identificación de patrones en indicadores de quimiosensibilidad utilizando un regresor de soporte vectorial a partir de datos del CCLE. Luis Diego Fernández Coto, tutor: R. Román (B.Sc. Electrical Engineering)
Diseño, implementación y validación un algoritmo de rastreo de células cancerígenas basado en HMM’s a partir de imágenes de microscopía de campo claro. Leslie Patricia Quinde Cobos, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
2017
Implementación y validación de un algoritmo de odometría visual monocular para la ubicación espacial del robot humanoide NAO. Carlos Eduardo Solano Abarca, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Diseño e implementación de un algoritmo para la corrección de glitches de MoCap basado en goniometría. Mario Alberto Castresana Avendaño, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Desarrollo de un sistema de telepresencia robótica integrando OSVR, Leap Motion y NAO para personas con motora reducida. Jose Pablo Ávila López, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
2016
Reconocimiento de patrones de espectroscopı́a de absorción para la clasificación de enfermedades. Keilyn Andreina Garro Vargas, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Desarrollo de una infraestructura de software para el análisis de variables cinemáticas y espacio-temporales de la marcha. Luis Guillermo Cornejo Suárez, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Control de un robot humanoide haciendo uso de una interfaz cerebro-computador con ondas P300. Eliécer Agüero Rojas, reviewer: D. Dajles (Lic. Electrical Engineering)
Implementación de una biblioteca en paralelo hı́brida CPU/GPU de algoritmos de reconocimiento de patrones para el clúster TARÁ del PRIS-Lab. Marco Villalta Fallas, tutor: F. Siles (Lic. Electrical Engineering)
2015
Creación de una aplicación web para la generación de datos de validación para el análisis de videos. Andrés Mora Zúñiga, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
“Ubique”. Felipe Ramírez Barquero, reviewer: F. Siles (Lic. Arts).
2014
Desarrollo de un prototipo para la generación de datos de referencia de las posiciones 2D y 3D de jugadores de fútbol. Adrián Navarro Álvarez, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Desarrollo de funciones de movimiento y control de los sensores para una plataforma robótica NAO. Andrey Solano Ocampo, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
Desarrollo de un prototipo de visualización de datos genómicos y proteómicos a partir de una base de datos. William Fallas Cordero, tutor: F. Siles (B.Sc. Electrical Engineering)
2006
Desarrollo de un modelo y simulador tridimensional del brazo robot Stäubli RX90L. David Cuenca Alpízar, reviewer: F. Siles (B.Sc. in Electrical Engineering)
2005
Envío de video hacia un cliente remoto utilizando el sistema video4linux y desarrollo de una aplicación gráfica GTK sobre una plataforma GNU/Linux, para el control del brazo robot Stäubli RX90. Carlos Alberto Montes Solano, tutor: F. Siles (B.Sc. in Electrical Engineering)
CURRENT RESEARCH PROJECTS
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322-B2-269. Vicerrectoría de investigación, UCR (VINV). Rastreo automatizado de jugadores de fútbol a partir de señales de televisión. 2014/03/03 - 2016/06/03. F. Siles investigador principal.
FI-101-13 MICITT. 834-B4-504 VINV. Plataforma biocomputacional de análisis de datos genómicos para superar la resistencia a la terapia contra el cáncer y las infecciones microbianas. 2014/01/06 - 2017/04/30. F. Siles investigador principal.
CURRENT RESEARCH ACTIVITIES
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322-B6-582. VINV. Apoyo a la organización del Special Session en IEEE CONCAPAN 2016: "IEEE BIP 2016 - Bioinspired Processing". 2016/05/02 - 2017/03/31. F. Siles investigador principal.
CONCLUDED RESEARCH PROJECTS
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803-B4-653. VINV & FEES. Análisis del papel de la respuesta celular al daño al ADN generaciones posteriores a tratamientos quimiterapéuticos. 2014/01/01 - 2015/12/31. F. Siles investigador asociado.
CONCLUDED RESEARCH ACTIVITIES
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322-B4-764. VINV. Puesta en marcha del Sistema Avanzado de Reconocimiento de Patrones. 2014/05/05 - 2015/11/25. F. Siles investigador principal.
322-B4-734 VINV. Apoyo a la organización del IWOBI 2014: International Conference and Workshop on Bioinspired Intelligence. 2014/01/06 - 2014/08/20. J. Crespo investigador principal. F. Siles investigador asociado.
GRADUATE THESIS
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2018
Cell Phenotype Classification using M-Phase Features in Live-Cell Bright Field Time-Lapse Microscopy. Andrés Mora Zúñiga, tutor: F. Siles (M.Sc. in Electrical Engineering)
Clustering of Cases from Different Subtypes of Breast Cancer Using a Hopfield Network Built from Multi-omic Data. Ólger Calderón Achío, tutor: F. Siles (M.Sc. in Computer Science, TEC)
Plataforma de biología de sistemas para la predicción de microARNs involucrados en redes de regulación de dosis génica en cáncer aneuploide. Man Sai Acón Chan, reviewer: F. Siles (M.Sc. in Bioinformatics and System's Biology)
2015
Modelado híbrido de datos genómicos de alta dimensionalidad para el reconocimiento de patrones en quimiosensibilidad del cáncer. Juan Carlos Coto Ulate, reviewer: F. Siles (M.Sc. in Computer Science)
DEWAFF: A Novel Approach to Image Abstraction for the Improvement of Image-based Pattern Recognition Tasks. Saúl Calderón Ramírez, tutor: F. Siles (M.Sc. in Electrical Engineering)
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